Ustanova svoju djelatnost ostvaruje preko tri sektora i to:
- Sektor farmaceutske zdravstvene zaštite, u čijem sastavu se nalaze 45 apoteka u svim opštinama Republike Crne Gore.
- Sektor veledrogerije, u kome se nalazi komercijalna slu\ba i skladište.
- Sektor za ekonomsko-pravne i opšte poslove.